MIT có năm trường (school) và một trường đại học (college):

• Trường Khoa học (School of Science), gồm có sáu khoa (Sinh học, Não bộ và các ngành khoa học nhận thức, Hóa học, Các ngành khoa học về khí quyển Trái Đất và hành tinh, Toán học, và Vật lý) cùng nhiều trung tâm và phòng thí nghiệm trực thuộc. Trường Khoa học hiện có khoảng 300 giảng viên, 1200 sinh viên sau đại học, và 1000 sinh viên đại học. Đây là trường lớn thứ hai ở MIT. Trường có 16 giảng viên và 16 cựu sinh viên của trường đã được Giải Nobel.[64]
• Trường Kỹ thuật (School of Engineering), gồm có tám khoa (Hàng không và vũ trụ, Kỹ thuật sinh học, Kỹ thuật hóa học, Kỹ thuật môi trường và xây dựng, Kỹ thuật điện và khoa học máy tính, Khoa học và kỹ thuật vật liệu, Kỹ thuật cơ khí, Khoa học và kỹ thuật hạt nhân), một phân khoa liên ngành (Kỹ thuật các hệ thống công nghiệp), và nhiều trung tâm và phòng thí nghiệm trực thuộc khác. Đây là trường lớn nhất ở MIT.[65]
• Trường Kiến trúc và Quy hoạch (School of Architecture and Planning), gồm có năm đơn vị thành viên chính: Khoa Kiến trúc, Khoa Nghiên cứu và Quy hoạch Đô thị, Media Lab, Trung tâm Bất động sản, và Chương trình Nghệ thuật, Văn hóa, và Công nghệ; ngoài ra trường còn có các trung tâm trực thuộc khác.
• Trường Quản lý Sloan (Sloan School of Management). Đây là trường kinh doanh của MIT.
• Trường Nhân văn, Nghệ thuật, và Khoa học Xã hội (School of Humanities, Arts, and Social Sciences), bao gồm 13 khoa và chương trình, trong đó có các ngành Nhân học, Truyền thông học so sánh, Kinh tế học, Ngôn ngữ và văn học nước ngoài, Lịch sử, Ngôn ngữ học, Triết học, Văn học, Âm nhạc, Nghệ thuật sân khấu, Khoa học chính trị, Khoa học Công nghệ và Xã hội, v.v...
• Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Y tế Whitaker (Whitaker College of Health Sciences and Technology).